In de Ferrum-regio hebben digitale monsters, bekend als Digimon, hun gegevens samengevoegd met het DNA van de Pokémon. Neem de rol van Ryu aan en sluit je aan bij een eliteteam van Pokémon Trainers om het fenomeen te onderzoeken en de grote demon te verslaan die ze hebben vrijgelaten door de Pokémon Satan, Darugis. Veel geluk!