Yandere Simulator is een schoolmeisje genaamd Yandere-Chan. Yandere is een term die mensen omvat die ogenschijnlijk liefdevol en zachtaardig zijn, maar die onder bepaalde omstandigheden zeer gewelddadig worden. Specifiek, deze personages veranderen hun persoonlijkheid wanneer hun liefdesverwachtingen niet worden ingelost. Onze Yandere-Chan is verliefd geworden op een klasgenoot van de middelbare school, maar ze is te verlegen om hem haar gevoelens te onthullen. Wat zal haar plan dan zijn? Om zijn liefdesleven te boycotten! Als een andere student Senpai benadert, zal Yandere-Chan ervoor zorgen dat hij voor altijd van de aarde verdwijnt...