Dit is het vervolg op Mario's Strange Quest, vlak nadat Mario Bowser versloeg en Yoshi's eieren terug kreeg. Maar hardnekkig is Bowser naar het land van Weirdonia verhuisd om de gewaardeerde eieren te stelen. Aangezien Mario niet in de buurt is om te helpen, is het Yoshi's beurt om het op te nemen tegen de buitenbeentjes Bowser.